時間軸

故事圍繞在主角竈門炭治郎和被鬼化的妹妹竈門禰豆子的身上。炭治郎繼承亡父留下的炭事業支撐一家七口的生活，過着樸實日子，某日炭治郎做完生意歸家後，全家慘遭鬼屠殺，而長女禰豆子則變成了鬼。
獵鬼人水柱・富岡義勇現身阻止禰豆子的攻擊，原本他打算將其斬殺，不過在發現兄妹倆有着強韌羈絆後收起了刀，並推薦炭治郎拜培育者・鱗瀧左近次為師，學習對抗鬼的方法。
歷經兩年艱苦的訓練，炭治郎通過最終選拔加入了「鬼殺隊」。

在完成鬼殺隊首次任務的炭治郎，被其鎹鴉告知前往下一個目的地淺草，途中他感受到了當年家人被殺時殘留在家中的氣味，追隨着那個氣味，炭治郎終於和最初的鬼——鬼舞辻無慘首次接觸，然而令炭治郎震驚的是鬼舞辻竟然偽裝成人類並組織了家庭。在那之後，炭治郎結識與鬼舞辻對立的鬼珠世和愈史郎，但突然遭到無慘的刺客襲擊，解除襲擊危機後，炭治郎答應收集鬼之血的要求，與珠世建立起合作關係。

炭治郎接到新任務後，前往傳說中有吃人鬼存在的鼓鬼之家，接續遇見了同期的鬼殺隊劍士．我妻善逸和嘴平伊之助，在屋外發現兩個孩子表情十分驚恐，於是上前關心，原來他們擁有稀血的哥哥被惡鬼抓進了宅邸內，為了救回被抓走的人類，進入宅邸的兩人，卻陷入包含原十二鬼月下弦之陸．響凱在內的幾個惡鬼為爭奪稀血而互相殘殺的大亂鬥在完成任務後，善逸和伊之助也加入了炭治郎的行列。

經過幾天的短暫休息後，炭治郎等人奉命去支援「那田蜘蛛山」的戰鬥。這座山上住着擁有蜘蛛能力的鬼家族，他們則被十二鬼月的下弦之伍・累所統治，而炭治郎眾人才剛上山就因為鬼的強襲被迫分散。而聽聞先遣部隊幾乎全軍覆沒的消息，鬼殺隊當主・產屋敷耀哉決定派出被稱為鬼殺隊最高戰力「柱」級隊員——水柱・富岡義勇和蟲柱・胡蝶忍前往助陣。在鬼壓倒性的實力面前，炭治郎抱着必死決心使出的「火之神神樂」與禰豆子剛覺醒的血鬼術「爆血」能力，成功逆轉了劣勢，最終在義勇的助陣下成功討伐下弦之伍。

在完成鬼殺隊首次任務的炭治郎，被其鎹鴉告知前往下一個目的地淺草，途中他感受到了當年家人被殺時殘留在家中的氣味，追隨着那個氣味，炭治郎終於和最初的鬼——鬼舞辻無慘首次接觸，然而令炭治郎震驚的是鬼舞辻竟然偽裝成人類並組織了家庭。在那之後，炭治郎結識與鬼舞辻對立的鬼珠世和愈史郎，但突然遭到無慘的刺客襲擊，解除襲擊危機後，炭治郎答應收集鬼之血的要求，與珠世建立起合作關係。

因為在那田蜘蛛山被發現帶着鬼一同行動，違反隊規的炭治郎被押往產屋敷耀哉的宅邸前接受「柱合審判」，並受到柱們嚴厲的追究，最終受到鬼殺隊當主・產屋敷耀哉的正式認可。審判結束後因先前戰鬥重傷的炭治郎，被帶往胡蝶忍管理的「蝶屋敷」接受治療，在那裏遇見了被稱為繼子的鬼殺隊女劍士・栗花落香奈乎，治療進展順利，並進行了機能回復訓練。另一方面，無慘因為累的戰敗勃然大怒，以下弦毫無用處為由，將下弦之壹・魘夢以外的下弦全部肅清，被無慘強化的魘夢為了得到更多的血液，將魔爪伸向炭治郎。

那田蜘蛛山的戰鬥後，炭治郎等人為了新任務搭上了無限列車，而炭治郎為了從與火之神神樂的歷史有淵源的炎柱・煉獄杏壽郎得到火之神神樂的線索，雖然與杏壽郎相遇，仍無法得到任何一點關於火之神神樂的情報，此時炭治郎和所有乘客卻落入了下弦之壹・魘夢的夢境陷阱被關在夢中，所幸禰豆子的火焰喚醒了眾人。一邊保護乘客，一邊與和列車同化的下弦之壹・魘夢對峙的炭治郎等人也成功保住了列車免於一場悲劇，杏壽郎卻因為與緊接而來的上弦之叄・猗窩座展開激鬥，最終而杏壽郎戰死，讓炭治郎悲慟不已，事後療養中炭治郎瞞着所有人去造訪煉獄家，得知了火之神神樂的真相。

無限列車戰鬥的四個月後，炭治郎他們以蝶屋敷為據點，每天過着積累鍛煉完成任務的生活。某天，音柱・宇髓天元因為任務需要打算把蝶屋敷的女孩們帶走。在炭治郎等人出面阻止後，天元突然改變主意，要炭治郎等人代替女孩們跟他同行。天元的目的是在日本著名的花柳街吉原遊廓進行調查，炭治郎他們被命令偽裝成遊女潛入打探消息。因為善逸和伊之助的警覺性，逼出潛伏在花街的上弦之陸・墮姬，潛入任務也驟變為討伐十二鬼月上弦的任務。炭治郎意識到自己與「水之呼吸」相性很差，但他所依賴的「火之神神樂」也讓身體到了極限，更糟的是原本被宇髓成功斬下頸脖的墮姬突然產生了異變，在墮姬受到重大恥辱嚎啕大哭後，因為深感而從墮姬身體裏分裂另一隻鬼上弦之陸・妓夫太郎的現身，令炭治郎等人陷入差點全軍覆沒的苦戰，最終一番死鬥後化解了危機。炭治郎一行人於吉原遊廓的死鬥中歷劫歸來，上弦之陸的敗北讓鬼殺隊取得了百年來的第一場勝利。歡喜的產屋敷和憤怒的鬼舞辻，兩方陣營的對立逐漸呈現激化的趨勢，天元由於失去一隻手臂和眼睛而決定退役。

吉原遊廓戰鬥的兩個月後，身負重傷的炭治郎終於甦醒，他很在意在自己昏睡的期間夢到的那位和他戴着一樣的日輪耳飾的神祕劍士。此時，由於炭治郎每次在和強敵戰鬥時都會把刀弄壞，讓刀匠鋼鐵塚螢相當生氣，拒絕再替炭治郎鍛刀。為了說服鋼鐵塚，炭治郎前往了被隱藏的刀匠之村，在那裏遇見了戀柱・甘露寺蜜璃和霞柱・時透無一郎等二位柱級劍士，以及同期鬼殺隊劍士・不死川玄彌。而平穩的煉刀師之村，遭到被無慘派去執行任務上弦之肆・半天狗和上弦之伍・玉壺襲擊，無一郎與玉壺交戰中覺醒了「斑紋」最終成功斬殺玉壺，另一方面，炭治郎與禰豆子、玄彌、蜜璃等人先後與半天狗作戰，但由於半天狗的分身能力陷入苦戰，最終撐到天亮，炭治郎斬殺了本體。而刀匠之村的戰鬥讓禰豆子成功克服了太陽。得知克服太陽消息的無慘歡喜不已，將目標從青色彼岸花變為禰豆子，打算吃了她讓自己也能夠克服太陽。鬼舞辻召回所有的鬼，準備一場爭奪禰豆子的大戰。

煉刀師之村戰鬥的一個禮拜後，另一方面，由於從吉原遊廓到刀匠之村陸續發現有隊員身上出現了類似鬼紋的「斑紋」，而炭治郎是現在時代首位出現了「斑紋」的隊員，為此產屋敷天音在柱合會議上表示，戰國時代那些將鬼舞辻逼到絕境的劍士們全都有這些斑紋。知曉此一情報後，岩柱・悲鳴嶼行冥提議動員所有柱進行聯合強化隊員們的訓練。無慘利用其親信鳴女的眼珠，查出產屋敷的宅邸位置，因為確信自己可以殺死已經病入膏肓的產屋敷奪走禰豆子，無慘於深夜到訪宅邸，而深知自己即將不久於人世，自願當誘餌的產屋敷，與妻子天音和兩個女兒一同引爆炸彈自盡犧牲後，與無慘對立的鬼珠世，使用自己研發出可以"讓鬼變回人類"的藥突襲無慘，然而無慘被柱圍攻的瞬間，鳴女開啟了無限城，人類一方與鬼一方，最終決戰的鐘聲已被敲響。

在無限城中，眾多鬼殺隊成員與鬼一方交戰，隊士我妻善逸遭遇自己分道揚鑣的師兄、原鬼殺隊劍士但墮落成鬼，現為新上弦之陸•獪岳，兩人從以前就討厭對方，最終死鬥後善逸使用自創「雷之呼吸．柒之型 火雷神」斬殺獪岳。
竈門炭治郎和水柱・冨岡義勇遭遇到上弦之參・猗窩座，交戰中的義勇覺醒了斑紋、而炭治郎則進入父親曾傳授的通透世界，成功斬下猗窩座的頭，但被雖已斷頭執念仍存的猗窩座擊至暈厥，猗窩座因過去記憶回復後，最終放棄再生並自盡身亡，而炭治郎和義勇因重傷與疲勞短暫失去意識。
蟲柱・胡蝶忍遭遇自己的殺姊仇人上弦之貳・童磨，忍試圖使用多種毒素刺殺童磨，但毒素都被童磨分解掉，而栗花落香奈乎趕到兩人的戰鬥現場，香奈乎卻親眼目睹恩師胡蝶忍被童磨殺害並吸收至體內，憤怒的香奈乎和後來闖入的嘴平伊之助與童磨戰鬥，在童磨的身體因忍的藤花毒而開始腐爛時，香奈乎啟動終之型「花之呼吸-彼岸朱眼」，與伊之助乘勝追擊，成功斬殺童磨報仇。
霞柱・時透無一郎遭遇到最強十二鬼月上弦之壹・黑死牟，戰鬥開始沒多久就被對方的攻擊斬斷左手並釘在柱子上，而在一旁的不死川玄彌試圖攻擊，但其雙手和身軀被黑死牟瞬間斬斷，在即將被斬斷頭時，玄彌的大哥風柱・不死川實彌闖入戰鬥擋下黑死牟的攻擊，能與黑死牟有來回的交戰，但仍然受到重傷，此時鬼殺隊最強岩柱・悲鳴嶼行冥也加入戰鬥，最終在三柱與鬼化玄彌的燃命攻擊下，黑死牟抱着與弟弟繼國緣壹的回憶死去，然而無一郎與玄彌亦傷重犧牲。
蛇柱・伊黑小芭內和戀柱・甘露寺蜜璃遭遇到支配無限城的新上弦之肆・鳴女，兩柱因鳴女的血鬼術絆住手腳，無法按命令與柱集合。另一方面，珠世單人牽制住無慘，但是藥對無慘不起效果，無慘也逐漸重新復活，復活後屠殺珠世和大量鬼殺隊士，打算完全消滅鬼殺隊。鬼殺隊新當主產屋敷輝利哉因而自責慌張，在被妹妹打了一巴掌後，重新振作發出下一條作戰命令，讓剩餘的柱集合對付無慘。
此時，因鳴女的血鬼術，炭治郎和義勇直接遭遇到無慘，雙方展開激戰。後來鳴女被愈史郎控制後，愈史郎反利用鳴女給予無慘甘露寺與伊黑已死的假消息，最後被無慘放棄殺死，而愈史郎利用鳴女將無限城轟出地表，脫離無限城的戰線。"讓鬼變回人類"的藥突襲無慘，然而無慘被柱圍攻的瞬間，鳴女開啟了無限城，人類一方與鬼一方，最終決戰的鐘聲已被敲響。

在地表上鬼殺隊與無慘的激戰中，小芭內、蜜璃、行冥、實彌等和眾多隊士依序到場支援，然而炭治郎被無慘注入大量的血而瀕臨死亡，之後由愈史郎治療炭治郎，炭治郎在昏迷中見到了過去竈門家祖先和呼吸法始祖繼國緣壹的記憶。之後善逸、伊之助、香奈乎藉由愈史郎的血鬼術支援在場的隊士，而小芭內先後覺醒「斑紋」、「赫刀」以及「通透世界」，其餘柱級隊士也先後覺醒能力。
後來無慘發動總攻擊，將在場隊士全都擊飛出去，全員傷勢嚴重，僅香奈乎一人躲開無慘攻擊，但也傷勢嚴重想要奮戰到底，無慘對香奈乎正要展開攻擊時，炭治郎因為愈史郎的輔助下，重新回到戰場救下香奈乎，並將香奈乎託付給隱，炭治郎並表示要和無慘做個了結，在戰鬥中體會到了「火之神神樂」，也就是日之呼吸，如果將十二式連貫起來，就會成為新的十三式。目前無慘因為珠世的毒而老化了9000歲，並且400年以前緣壹留下的傷痕也再次暴露。
視角切到禰豆子，得知無慘殺死竈門一家的原因是他需要能克服陽光的鬼；而禰豆子的雙眼似乎恢復正常；回到炭治郎這邊，因為無慘想要逃跑，便將手臂膨脹，企圖分裂自身，但是因為先前珠世的毒藥而阻止了，其中珠世的毒藥是四合一的配方，除了上述兩種，還有阻礙分裂的藥及破壞細胞的藥。不久後鬼殺隊成員們終於戰鬥到了天亮，並阻止了無慘最後逃跑的垂死掙扎，但同時鬼殺隊也付出慘痛代價，九柱幾乎全滅，只剩下風柱和水柱劫後餘生，而岩柱、蛇柱和戀柱則在彌留之際化解了遺憾後去世，至於善逸、伊之助兩人還存活着，在禰豆子最終趕來戰場後，卻看到炭治郎被宣佈已無呼吸和脈搏，而水柱富岡義勇則認為自己從來都沒有保護好重要的人而難過的落淚。
炭治郎無呼吸和脈搏後，意外的無慘在死前，已將血注入在炭治郎的細胞上，炭治郎最後睜開眼睛，雙眼已經是鬼，成為新的鬼王，且已克服陽光，轉眼間變成鬼的炭治郎開始攻擊鬼殺隊，在場的義勇、善逸、伊之助都感到震驚。之後已經完全變回人類的禰豆子終於趕到戰場，為了讓炭治郎清醒，不僅抱住他，甚至還被肯咬。此時，香奈乎看到眼前的慘狀回憶起和胡蝶忍的對話，當初為了防止禰豆子的變人藥的量不夠，所以製作了三份，最後一份由香奈乎保留了，此時香奈乎還留了一隻眼睛，她知道此時她該做什麼，在被炭治郎的攻擊刺中的情況下，香奈乎賭上性命再次啟動了終之型「花之呼吸-彼岸朱眼」將變人的藥打入了鬼化的炭治郎體內，最終炭治郎變回人類擁抱禰豆子，香奈乎平安無事，愈史郎也向珠世放心，戰爭終於落幕。